সৈয়দ আহমেদ জানিয়েছেন, জানে আলম হত্যাকাণ্ডের পরপরই তিনি চট্টগ্রামের বাঁশখালীর ডাকাত দলের সঙ্গে সমুদ্র পাড়ি দিয়ে আত্মগোপন করেন। প্রথম চার থেকে পাঁচ বছর সৈয়দ আহমেদ তাঁর পরিবার ও আত্মীয়স্বজন ছেড়ে বাঁশখালী, আনোয়ারা, কুতুবদিয়া, পেকুয়ায়ার সাগর কূলবর্তী এলাকায় থাকতে শুরু করেন। পরে চট্টগ্রামের সীতাকুণ্ড এলাকায় উদ্বাস্তু হিসেবে অবস্থান করেন।

সৈয়দ আহমেদ একপর্যায়ে জঙ্গল ছলিমপুরে মশিউর বাহিনীর প্রধান মশিউরের ছত্রচ্ছায়া ও সহযোগিতায় সেখানে স্থায়ীভাবে বসবাস শুরু করেন। আইনশৃঙ্খলা রক্ষাকারী বাহিনীর অভিযানের কারণে ওই এলাকায় থাকা নিজের জন্য নিরাপদ মনে করছিলেন না সৈয়দ আহমেদ। এবার তিনি চট্টগ্রামে বিভিন্ন মাজার এলাকায় বাবুর্চির কাজ শুরু করেন।

একপর্যায়ে সৈয়দ আহমেদ চট্টগ্রাম মহানগরের আকবরশাহ থানা এলাকার একটি বাড়িতে নিরাপত্তাকর্মীর ছদ্মবেশে কাজ নেন। তিনি সেখানে স্থায়ীভাবে বসবাস শুরু করেন। র‍্যাব জানায়, পলাতক থাকাকালে সৈয়দ আহমেদ দুটি ভুয়া জাতীয় পরিচয়পত্র বানান। তিনি তাঁর পরিবার-পরিজন-আত্মীয়স্বজনের সঙ্গে সব ধরনের যোগাযোগ বন্ধ রাখেন। ফলে তাঁকে কোনোভাবেই শনাক্ত করা যাচ্ছিল না। গ্রেপ্তার সৈয়দ আহমেদকে লোহাগাড়া থানায় হস্তান্তর করা হয়েছে বলে জানান র‍্যাব কর্মকর্তা নুরুল আবসার।